★ FEATURED ARTICLE 作者Evil Genius多总结一些CosMx、Xenium的文献为Atera分析做准备能不能用到暂且不谈用到了不会或者再去学习非常麻烦且浪费精力提前准备最好。2026马上都11月了不得不说发文的要求也是越来越高了都在向多组学靠拢大家如果做空间转录组不妨学习一下空转的分析单细胞联合空间仍然是目前最好的发文方向。大家多看看空转的分析思路以及方法。大家一定要牢记AI只是辅助做决定的是我们自己不要被AI绑架而是要成为掌握AI的人。今日参考文献核心问题肠道纤维化是克罗恩病CD的主要并发症目前缺乏靶向治疗。纤维化由过度基质沉积定义可能源于吞噬清除不足但吞噬在此过程中如何转变尚不清楚。Graphical Abstract发现与交互Discovery Crosstalk整合bulk RNA-seq、scRNA-seq、空间转录组Slide-seq、公共数据分析、人类样本和动物模型验证发现CD47hi成纤维细胞与SIRPαhi巨噬细胞在纤维化区域的空间耦合。表型与机制Phenotype Mechanism通过基因敲除小鼠Cd47/SIRPA敲除、表型验证组织学、免疫荧光、qPCR、Western blot和机制探索细胞共培养、条件培养基、ELISA、流式细胞术揭示IL-1β介导的双向交互。干预与转化Intervention Translation靶向干预CD47/SIRPα阻断、三种不同时间安排Long/Mid/Short的累积剂量匹配抗体治疗、治疗效果验证组织学、图像分析、流式、分子生物学。*机制A. 吞噬抑制与促纤维化生态位形成CD47hi成纤维细胞通过CD47与SIRPαhi巨噬细胞的SIRPα结合释放IL-1β/CSF1/IL-10/TGF-β形成促纤维化生态位吞噬作用下降胶原产生增加。B. 吞噬重编程与纤维化缓解Anti-CD47或Anti-SIRPα抗体阻断后巨噬细胞重编程为NRF2相关促吞噬状态吞噬作用增强纤维化缓解。HighlightsCD47-SIRPα信号介导肠道纤维化中成纤维细胞的吞噬逃逸。IL-1β连接CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞形成促纤维化生态位。CD47-SIRPα阻断驱动NRF2相关的巨噬细胞清除致病性成纤维细胞。抗CD47治疗减轻纤维化具有时间安排依赖性差异。摘要肠道纤维化是克罗恩病的主要并发症目前尚无靶向治疗。纤维化由过度基质沉积定义可能源于吞噬清除不足但吞噬在此过程中如何转变尚不清楚。使用单细胞和空间转录组学识别出纤维化区域中纤维化相关的CD47hi成纤维细胞与SIRPαhi巨噬细胞耦合。细胞-细胞通讯分析和中和抗体实验识别出白细胞介素-1βIL-1β作为它们交互的介质形成以吞噬逃逸为特征的促纤维化生态位。成纤维细胞Cd47或巨噬细胞Sirpa的遗传破坏增强成纤维细胞清除并减轻纤维化。机制上检查点破坏将巨噬细胞重编程为NRF2相关的促吞噬状态将增强的清除与抗纤维化反应联系起来。此外治疗性抗体阻断该检查点在小鼠模型中减轻肠道纤维化具有时间安排依赖性疗效。总之这些发现支持CD47介导的吞噬逃逸作为肠道纤维化的关键致病机制并确定CD47-SIRPα阻断作为有前景的治疗靶点。Introduction1. 克罗恩病与肠道纤维化的临床挑战克罗恩病CD是一种慢性复发性炎症性肠病影响整个胃肠道。肠道纤维化是常见且严重的并发症常导致狭窄形成、肠梗阻、生活质量下降和手术干预。尽管生物治疗取得进展CD中的纤维化仍难以直接治疗。在缺乏获批抗纤维化治疗的情况下手术切除仍然常见伴随显著的术后复发和医疗负担。2. 肠道纤维化的病理特征肠道纤维化的病理标志是细胞外基质ECM过度积累源于复杂免疫-基质生态位中基质产生和降解的失衡。最近的单细胞分析揭示异质性基质细胞是纤维化CD病变中主要的ECM产生群体distinct 活化成纤维细胞亚群如TWIST1FAP和MMP/WNT5A成纤维细胞在纤维化生态位中富集与异常胶原沉积相关。3. 巨噬细胞在纤维化重塑中的作用巨噬细胞也是纤维化重塑的核心。传统上M2极化巨噬细胞通过分泌促纤维化介质如TGF-β和PDGF刺激成纤维细胞活化和ECM沉积。最近报道CXCL9巨噬细胞和CD150单核细胞与纤维化生态位中的FAP成纤维细胞相互作用。然而巨噬细胞也可以通过基质重塑、分泌基质降解酶和吞噬清除受损细胞来促进组织修复和纤维化消退。在肝纤维化中增强巨噬细胞介导的胞葬作用促进纤维化消退。4. CD47-SIRPα轴作为抗吞噬检查点巨噬细胞吞噬由配对的吃我和别吃我信号调节。其中CD47-SIRPα轴是中心抗吞噬检查点。CD47广泛表达于细胞表面通过接合巨噬细胞上的SIRPα激活下游抑制信号来抑制吞噬。癌细胞常利用该通路逃避免疫监视。新兴证据也暗示CD47-SIRPα信号在慢性炎症和纤维化疾病中的作用。然而疾病相关的CD47和SIRPα表达细胞状态、它们的空间组织以及在肠道纤维化中的功能作用仍不清楚。5. 研究目标展示CD47标记纤维化相关成纤维细胞状态伴随纤维化肠道组织中SIRPαhi巨噬细胞状态的富集。这些细胞状态在纤维化区域空间耦合参与双向成纤维细胞-巨噬细胞交互构成促纤维化生态位。靶向破坏该轴减轻纤维化并驱动巨噬细胞NRF2相关的促吞噬重编程。抗体阻断该检查点也在小鼠模型中减轻肠道纤维化具有时间安排依赖性疗效。Results结果1、CD47-SIRPα轴在CD患者和小鼠模型的肠道纤维化中富集吃我和别吃我基因模块分析从已建立的吞噬和巨噬细胞检查点通路中策划吃我和别吃我基因模块。使用ssGSEA评分跨非炎症、炎症和纤维化肠道样本发现纤维化组织显示吃我相关活性增加同时别吃我检查点活性增加。纤维化病变表现出吞噬重塑状态伴随别吃我检查点活性升高。CD47和SIRPA在纤维化组织中增加在候选通路中CD47和SIRPA在纤维化组织中增加而其他检查点相关转录本未显示可比诱导。CD47 mRNA在复发样本中高于非复发样本。组织蛋白水平验证确认纤维化病变中CD47和SIRPα表达增加。CD47表达的细胞定位单细胞转录组分析显示CD47在多个区室中可检测在间充质基质细胞MSCs中具有显著的纤维化相关信号。基质注释显示CD47表达主要定位在成纤维细胞中并在纤维化组织中升高。将成纤维细胞分为CD47hi和CD47lo状态CD47hi成纤维细胞在纤维化样本中富集。免疫荧光确认纤维化组织PDPN基质区域中CD47信号增加。CD47hi成纤维细胞不限于一种注释成纤维细胞亚型而是与活化成纤维细胞状态包括FAP和NT5E成纤维细胞重叠。差异表达、通路富集和 curated 标记分析显示CD47hi成纤维细胞与ECM组织、细胞粘附、炎症和成纤维细胞活化程序相关。这些特征支持CD47hi成纤维细胞作为活化的促纤维化成纤维细胞状态。SIRPαhi巨噬细胞SIRPA表达和SIRPαhi巨噬细胞比例在纤维化组织中增加SIRPA定义的巨噬细胞状态分布在单核-巨噬细胞区室内而非形成单独谱系。分析确认SIRPA作为纤维化相关巨噬细胞程序。组织免疫荧光显示富含胶原的纤维化区域中CD68巨噬细胞内SIRPα信号增加。小鼠模型验证在小鼠scRNA-seq数据中Cd47映射到注释的成纤维细胞Sirpa映射到髓系区室纤维化组织显示Cd47hi成纤维细胞和Sirpahi单核-巨噬细胞增加。DSS和TNBS诱导的纤维化显示CD47和SIRPα蛋白丰度增加PDPN基质区域中CD47信号更强CD68巨噬细胞富集区域中SIRPα更强。流式细胞术进一步验证纤维化小鼠结肠中CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi单核-巨噬细胞增加分选的CD47hi成纤维细胞表达比CD47lo成纤维细胞更高的纤维化相关转录本。结果2、CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞在肠道纤维化中形成促纤维化生态位空间耦合验证Visium反卷积显示纤维化肠道组织中CD47hi成纤维细胞富集区域和SIRPαhi巨噬细胞富集区域重叠而低状态群体显示较弱的空间耦合。CosMx成像确认组织界面处成纤维细胞-巨噬细胞邻近性伴局部CD47信号。多重免疫荧光显示纤维化区域中CD47hi PDPN基质细胞邻近SIRPαhi CD68巨噬细胞基于距离的定量确认其空间富集30 μm内。功能交互验证将巨噬细胞与CD47lo或CD47hi原代肠道成纤维细胞共培养直接共培养CD47hi成纤维细胞增加巨噬细胞SIRPα染色。条件培养基实验显示CD47hi成纤维细胞在共培养中上调巨噬细胞Sirpa、Il1b和Tgfβ1活化成纤维细胞的条件培养基也能重现此反应。配体-受体推断使用NicheNet识别可能连接CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞的候选可溶性介质。在成纤维细胞→巨噬细胞方向IL1B在预测调控SIRPαhi巨噬细胞靶程序的顶级候选配体中排名靠前CSF1也作为候选巨噬细胞支持信号出现。qPCR确认CD47hi成纤维细胞中Il1b和Csf1表达高于CD47lo成纤维细胞。在巨噬细胞→成纤维细胞方向IL1B再次出现在顶级候选信号中连同TGFβ1相关信号SIRPαhi巨噬细胞表达比SIRPαlo巨噬细胞更高的Il1b和Tgfβ1。ELISA进一步确认CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞分泌相应候选蛋白增加。IL-1β中和实验IL1B在双向推断中反复出现优先将IL-1β作为后续中和实验的共享候选介质。成纤维细胞→巨噬细胞臂IL-1β中和降低CD47hi成纤维细胞条件培养基诱导巨噬细胞活化的能力抗IL-1β处理后Sirpa、Il1b和Tgfβ1表达降低。反向巨噬细胞→成纤维细胞臂IL-1β中和减弱成纤维细胞活化降低Cd47、Col1a1、Il1b和Csf1表达。这些数据支持IL-1β作为CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞之间可溶性因子介导交互的功能介质。总结数据支持纤维化生态位中CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞之间可溶性因子介导的、IL-1β依赖的交互。结果3、成纤维细胞Cd47或巨噬细胞Sirpa的遗传消融破坏促纤维化回路并减轻纤维化成纤维细胞Cd47缺失Col1a2-CreERT2; Cd47fl/fl生成成纤维细胞谱系Cd47缺失小鼠接受慢性DSS诱导肠道损伤。确认主要基质/成纤维细胞中有效Cd47缺失。DSS攻击后Cd47Δfib小鼠显示较少的结肠缩短、减少的Masson阳性胶原沉积和较低的组织学纤维化评分。减少的组织学纤维化伴随较低的组织水平纤维化重塑DSS诱导的Cd47Δfib结肠显示降低的Col1a1表达、较低胶原蛋白丰度和降低的PDPN基质信号。流式细胞术进一步显示成纤维细胞谱系Cd47缺失后SIRPαhi单核-巨噬细胞和成纤维细胞比例降低。这些变化未伴随HE基础炎症评分或结肠Il6、Il1b和Tnf表达的显著差异。此外从Cd47Δfib和Cd47fl/fl小鼠分离的主要基质细胞在离体中显示可比的基础和TGF-β诱导的Col1a1、Acta2和Fn1表达表明Cd47缺失不直接削弱基质细胞的内在促纤维化反应性。因此Cd47Δfib小鼠中减少的纤维化不能归因于广泛的炎症或受损的基质纤维化能力。成纤维细胞吞噬实验测试成纤维细胞Cd47是否调节巨噬细胞对活化成纤维细胞的吞噬。原代肠道成纤维细胞从Cd47Δfib或Cd47fl/fl小鼠分离用CFSE标记与或不与TGF-β刺激然后与骨髓来源巨噬细胞BMDMs共培养。Cd47缺失增加巨噬细胞对CFSE标记成纤维细胞材料的摄取在TGF-β刺激后最明显。这些数据表明成纤维细胞Cd47限制巨噬细胞对活化成纤维细胞的吞噬。巨噬细胞Sirpa缺失Lyz2-Cre; Sirpafl/fl生成髓系Sirpa缺失小鼠接受慢性DSS诱导肠道损伤。SirpaΔMac小鼠显示较少的结肠缩短、减少的Masson阳性纤维化重塑和较低的组织学纤维化评分。伴随降低的Col1a1表达、较低胶原蛋白丰度和降低的PDPN基质区域CD47信号。与成纤维细胞谱系Cd47缺失后观察到的一致Sirpa缺失未显著改变HE基础炎症评分或结肠Il6、Il1b和Tnf表达。并行共培养实验显示Sirpa缺陷BMDMs也增加对CFSE标记成纤维细胞的摄取。总结这些遗传扰动实验表明破坏CD47-SIRPα检查点减弱肠道纤维化。结果4、NRF2在Cd47缺失后促进巨噬细胞功能重编程巨噬细胞转录组分析从DSS处理的Cd47fl/fl和Cd47Δfib小鼠分离肠道巨噬细胞通过SMART-seq分析。PCA和差异表达分析显示这些巨噬细胞采用 distinct 转录状态。qPCR验证显示Sirpa、Tgfβ1和Il1b降低与该条件下减少的SIRPα相关和成纤维细胞交互相关活化信号一致。功能程序定义WGCNA识别与ECM重塑、伤口愈合、内吞/吞噬和氧化应激相关通路相关的巨噬细胞基因模块。全排名矩阵GSEA进一步显示吞噬相关基因集富集吞噬泡、吞噬作用、吞噬杯、吞噬调控连同氧化应激相关基因集富集ROS代谢、对ROS的反应、对氧化应激的反应。候选吞噬相关分子中Cd36和Clec7a增加。与氧化还原相关转录变化一致Cd47Δfib小鼠的巨噬细胞显示降低的线粒体超氧化物相关MitoSOX荧光。上游调控因子鉴定转录因子基序和活性分析识别NRF2作为顶级富集转录因子基序独立的decoupleR基础活性推断显示Cd47Δfib小鼠巨噬细胞中NRF2相关活性更高。免疫荧光显示CD68巨噬细胞中NRF2信号增加Western blot确认Cd47Δfib小鼠巨噬细胞中NRF2蛋白丰度更高。这些结果提名NRF2作为与巨噬细胞重塑状态相关的候选调控因子。NRF2功能验证siRNA敲低Nfe2l2使用两种独立siRNAs在巨噬细胞中敲低Nfe2l2。Nfe2l2敲低减少巨噬细胞对CFSE标记活化成纤维细胞材料的摄取成像和流式吞噬实验均显示。它还降低Cd36和Clec7a表达并增加巨噬细胞中线粒体超氧化物相关MitoSOX荧光。这些功能缺失数据表明NRF2促进促吞噬和氧化还原重塑的巨噬细胞程序。结果5、CD47或SIRPα中和抗体治疗阻断改善肠道纤维化慢性DSS模型接受慢性DSS诱导纤维化的小鼠用对照IgG、抗CD47或抗SIRPα抗体治疗。与IgG处理的DSS小鼠相比抗CD47和抗SIRPα治疗减少胶原沉积和组织学纤维化评分增加结肠长度降低Col1a1表达减少胶原蛋白丰度。抗体治疗还降低纤维化相关转录本Fn1和Acta2以及组织水平Cd47和Sirpa表达。抗体阻断减弱慢性DSS模型中的纤维化重塑。纤维化相关细胞状态抗CD47和抗SIRPα降低PDPN阳性基质区域中CD47信号并通过流式细胞术降低CD47hi成纤维细胞比例。在巨噬细胞侧两种抗体减少组织切片中CD68阳性SIRPαhi巨噬细胞和流式细胞术SIRPαhi单核-巨噬细胞分数。未观察到其他吞噬细胞群体的广泛耗竭。HE形态、组织学炎症评分和结肠Il6、Il1b和Tnf表达也未被抗体治疗显著改变。因此CD47-SIRPα阻断减少纤维化相关基质和巨噬细胞状态而没有广泛的炎症抑制。TNBS模型验证抗CD47和抗SIRPα减少Masson阳性纤维化重塑、组织学纤维化评分和Col1a1 mRNA表达。与DSS模型一致流式细胞术显示抗CD47或抗SIRPα治疗后CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi单核-巨噬细胞比例降低。离体吞噬实验在CFSE标记活化成纤维细胞和BMDMs共培养中抗CD47或抗SIRPα增加巨噬细胞对CFSE标记成纤维细胞材料的摄取成像和流式细胞术评估。Fc阻断部分减少这种增加但比例仍高于IgG处理对照。体内吞噬实验使用Col1a1-IRES-EGFP-IRES-MerCreMer报告小鼠评估巨噬细胞对成纤维细胞谱系材料的体内摄取。流式细胞术验证显示报告小鼠中90%流式门控成纤维细胞为GFP阳性。报告小鼠接受IgG、抗CD47或抗CD47抗CD36联合治疗。末次给药后2天收集结肠组织。抗CD47减少GFP阳性成纤维细胞增加GFP阳性单核-巨噬细胞。联合抗CD47和抗CD36部分减弱这种增加。相反GFP阳性树突状细胞、嗜酸性粒细胞和中性粒细胞未受影响。这些发现支持CD47-SIRPα阻断后增加巨噬细胞对成纤维细胞的吞噬。结果6、累积剂量匹配的抗CD47方案显示时间安排依赖性的抗纤维化活性差异三种时间安排比较在慢性DSS纤维化模型中比较三种累积剂量匹配的抗CD47方案Long方案跨越大部分损伤-恢复过程第1周开始100 μg/剂27剂总计2,700 μg。Mid方案较晚开始第4周开始150 μg/剂18剂总计2,700 μg。Short方案在最终水恢复阶段递送第49天开始450 μg/剂6剂总计2,700 μg。结果抗CD47治疗在所有方案中均减少组织学纤维化但益处幅度因方案而异。Long和Mid治疗产生最强的纤维化评分降低而Short治疗显示较小但仍可检测的降低。结肠长度在Long和Mid组最明显改善Short组效果较弱。组织和分子纤维化读数显示相同的时间安排依赖性模式免疫荧光显示抗CD47治疗后PDPN阳性基质区域中CD47信号降低Long和Mid方案比Short方案产生更低的基质CD47信号。Collagen I染色在所有治疗方案中减少Long和Mid方案比Short组更一致地抑制。转录水平上Col1a1、Fn1和Acta2在三种方案中均被抗CD47降低Long和Mid治疗产生最强降低Short治疗显示部分降低。流式细胞术显示所有抗CD47方案降低总成纤维细胞中CD47hi成纤维细胞比例Long和Mid治疗比Short治疗产生更强降低。SIRPαhi单核-巨噬细胞比例在抗CD47治疗后也降低Long组最一致降低Short方案降低较弱。组织水平Cd47和Sirpa表达显示相应降低。这些变化未伴随HE形态、组织学炎症评分、Il6、Il1b和Tnf表达或总细胞中免疫细胞总体比例的显著差异。因此观察到的抗CD47治疗时间安排依赖性抗纤维化差异与CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi单核-巨噬细胞状态减少相关而非广泛炎症抑制。总结累积剂量匹配比较显示抗CD47治疗在所有治疗方案中减弱肠道纤维化重塑具有时间安排依赖性差异Long和Mid方案产生最一致的抗纤维化效果。讨论主要贡献肠道纤维化和纤维狭窄性狭窄仍是CD的主要并发症缺乏有效治疗。当前模型强调成纤维细胞活化和ECM沉积而巨噬细胞介导的细胞清除的贡献定义较少。本研究报告了一种由CD47-SIRPα轴介导的成纤维细胞吞噬逃逸机制。数据表明在CD相关纤维化病变中CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞通过涉及IL-1β的可溶性因子介导交互建立致病性反馈回路创造别吃我微环境使纤维化持续。遗传或抗体介导的检查点中断增强巨噬细胞对成纤维细胞的吞噬减弱实验模型中的纤维化重塑。数据提示巨噬细胞介导的病变成纤维细胞清除与NRF2相关的促吞噬重编程耦合这可能有助于检查点破坏的抗纤维化效果。最后抗CD47治疗减弱纤维化重塑具有时间安排依赖性疗效。吃我/别吃我信号概念引入肠道纤维化本研究将吃我/别吃我信号概念引入肠道纤维化。先前研究已建立纤维化中双向成纤维细胞-巨噬细胞交互。本研究扩展该框架显示CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞优先占据共享纤维化生态位而非代表独立的纤维化相关状态。条件培养基和中和实验进一步支持IL-1β作为双向交互的共享介质。CSF1和TGF-β1可能提供次级信号。这些空间和功能关系定义了纤维化肠道生态位内相互的促纤维化成纤维细胞-巨噬细胞回路。鉴于CD47在其他纤维化环境中限制病变成纤维细胞的清除作者提出该回路维持成纤维细胞中互补的CD47表达和巨噬细胞中SIRPα表达。自我强化循环可能将成纤维细胞持续与巨噬细胞活化耦合从而放大纤维化重塑。靶向恶性循环为靶向这一恶性循环使用条件基因缺失破坏CD47-SIRPα轴。成纤维细胞谱系Cd47或髓系谱系Sirpa缺失减弱肠道纤维化重塑而没有可测量地改变炎症。此外成纤维细胞Cd47缺失未损害成纤维细胞对TGF-β的活化反应。因此该检查点主要促进成纤维细胞持续和清除抗性而非直接控制成纤维细胞活化。为探索潜在机制对肠道原位巨噬细胞进行转录组测序。成纤维细胞谱系Cd47缺失后分离的巨噬细胞显示吞噬和氧化应激相关程序的协调变化伴随NRF2相关活性和蛋白丰度增加。为阐明NRF2与吞噬正反馈之间的关系使用siRNA在离体中敲低巨噬细胞NRF2。一致地Nfe2l2敲低减少对CFSE标记成纤维细胞的摄取降低Cd36和Clec7a表达并增加线粒体超氧化物相关MitoSOX荧光。这些发现识别NRF2作为促吞噬和氧化还原重塑巨噬细胞状态的功能贡献者。转化意义先前方法主要聚焦早期干预如TWIST1靶向策略。最近研究已识别某些药物如MFGE8可以...累积剂量匹配比较为治疗框架增加了时间安排维度。Short方案较小效果表明在该较晚、较高每剂、较短持续时间方案下抗纤维化活性保留。由于治疗起始、每剂量和持续时间一起变化研究未隔离哪个方案组分产生观察到的差异。这些时间安排依赖性差异可能反映对CD47hi成纤维细胞和SIRPαhi巨噬细胞持续性的差异效应。炎症指数在方案间不变反对广泛抗炎效果。这些发现为在临床相关疾病阶段评估CD47导向治疗提供理由。未来研究应评估疾病阶段是否可以告知维持 vs 更高强度、时间限制的给药策略。模型互补性慢性DSS和TNBS模型在本研究中提供互补而非可互换的证据。选择慢性DSS用于遗传和时间安排实验因为其可重现的损伤-恢复动力学和较低的动物间变异性。重复TNBS暴露显示更大变异性但提供独立设置以测试抗体相关效应是否延伸到DSS之外。两个模型中纤维化重塑的一致减弱支持反应的稳健性但不意味着机制等同。CD47导向治疗的转化前景CD47导向治疗在肿瘤学中最先进挑战包括血液学毒性、异质性反应和有限治疗指数。相反其在非肿瘤疾病中的治疗潜力越来越被认可。多种CD47相关抗体药物已进入临床阶段用于坏疽性脓皮病、动脉粥样硬化、系统性红斑狼疮和视神经脊髓炎等疾病展示有前景的转化潜力。本发现为在肠道纤维化中评估该检查点提供临床前支持并为将该靶点评估扩展到肿瘤学之外提供转化理由。此外测试方案中观察到的时间安排依赖性活性可能为CD中肠道纤维化的临床开发和剂量-方案优化提供信息。然而这些实验未建立长期安全性、组织选择性或在纤维狭窄性CD患者中的疗效。由于CD47广泛表达限制全身暴露或优先靶向纤维化相关成纤维细胞-巨噬细胞生态位的策略可能对转化很重要。结论本研究识别CD47-SIRPα轴作为肠道纤维化中致病性成纤维细胞-巨噬细胞交互的驱动因素并将成纤维细胞吞噬逃逸确立为清除抗性机制。这些发现支持CD47-SIRPα轴作为有前景的转化靶点。未来研究应聚焦上游调控因子、个性化策略和晚期模型中的长期安全性最终推动这一靶向策略向临床应用推进。局限性虽然已建立CD47-SIRPα轴的作用但其上游调控机制仍未完全阐明。转化潜力需要进一步验证。患者异质性可能影响治疗反应长期安全性特征特别是肿瘤学中全身CD47阻断报告的血液学毒性需要严格评估。DSS和TNBS模型捕获损伤相关纤维化重塑但不能重现已建立纤维狭窄性CD的慢性结构和异质性。因此治疗方案实验展示时间安排依赖性减弱而非逆转已有纤维化。方法空间转录组学、CosMx和细胞-细胞通讯分析Visium空间转录组来自已发表狭窄CD数据集SCP2959使用cell2location 基于反卷积与配对单细胞参考图谱推断成纤维细胞和单核-巨噬细胞状态的空间分布。CD47hi/CD47lo成纤维细胞和SIRPAhi/SIRPAlo单核-巨噬细胞状态分布投影到组织坐标在纤维化和非纤维化区域比较。纤维化区域中成纤维细胞和单核-巨噬细胞状态之间的空间共定位如前所述评估。CosMx NanoString来自CD患者结肠黏膜GSE234713使用Seurat 分析以评估成纤维细胞和巨噬细胞的空间组织以及CD47表达的定位。使用scran包的findMarkers识别亚群标记按样本阻断限制高变基因测试正log-fold change。前100个最显著排名基因用于支持细胞状态注释。配体-靶点推断使用NicheNet。候选配体-受体分析聚焦相关基因在10%细胞中表达的发送者和接收者群体。每个交互方向从发送者和接收者细胞的差异表达基因中提取top 20候选配体和top 500靶基因。为推断成纤维细胞→巨噬细胞调控CD47hi成纤维细胞作为发送者群体SIRPαhi单核-巨噬细胞作为接收者群体为推断巨噬细胞→成纤维细胞调控SIRPαhi单核-巨噬细胞作为发送者群体CD47hi成纤维细胞作为接收者群体相应低表达状态作为参考。配体活性和配体-靶点链接使用NicheNet输出热图可视化活性评分缩放0-1。NicheNet预测视为假设生成并与qPCR和ELISA实验交叉检查。生活很好有你更好。
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